La sua istituzione risale agli anni ottanta del secolo scorso. Nacque come "Fondazione Scomazzetto" dal nome del più importante degli studiosi asolani, l'archeologo Pacifico Scomazzetto, che fra il 1874 ed il 1885 riuscì a mettere in luce i resti romani delle Terme e del Teatro e raccolse tutto il materiale che costituisce gran parte del patrimonio della "Sezione Archeologica".
Gli studi dello Scomazzetto sono pubblicati negli atti dell'Accademia dei Lincei.
La denominazione di "Museo Civico" fu deliberata dal Consiglio Comunale nel 1894.
La collezione museale fu costituita per merito di donazioni degli oggetti e documenti che vari ricercatori e studiosi nei secoli precedenti avevano raccolto e pubblicato secondo una "parte" deliberata dal Podestà Giovanni Barbo, del 4.8.1463, che invitava i cittadini che "avessero possesso o notizie" concernenti beni pubblici, a rivelarle.
Purtroppo molti documenti, cimeli ed opere d'arte (fra cui l'Assunta del Lotto, ora in Cattedrale) furono danneggiati, dispersi o distrutti da incendio nel 1509, dopo l'occupazione delle soldataglie della Lega di Cambrai.
Altri benemeriti studiosi raccolsero documenti ed oggetti d'arte nel '500, '600 e '700 (Aurelio Farolfi, Gaspare Furlani, Lodovico Guerra) a stento salvati dai vandalismi seguiti alle leggi soppressive napoleoniche (1810).
Nel '800 per merito dell'autorità e dell'immenso prestigio di Antonio Canova e per la cura dei suoi eredi Manera e Sartori furono costituite altre importanti raccolte dando inizio alla formazione di un primo Museo asolano (1880).
Altre donazioni vennero dai nobili asolani Beltramini (ritratto di Caterina Cornaro) ed Antonelli, da ospiti illustri come la Signora Bronson (un ritratto di Caterina Cornaro), il trevigiano Bailo (selci paleolitiche) e soprattutto Monsignor Giacomo Bertoldi, eccezionale raccoglitore di quadri, che donò ben 177 (centosettantasette) opere che ancora costituiscono gran parte della pinacoteca del Museo.
Nel '900 seguirono le donazioni delle opere di Guglielmo Talamini (1923) e nel 1933 il deposito di tutti i cimeli, libri, copioni, costumi, oggetti preziosi, fotografie, ritratti ecc. di Eleonora Duse da parte della figlia Enrichetta.
Il Museo Civico ora comprende:
Corrado Fabris